Nama Bongancina diperkirakan berasal dari dua kata yaitu Bong dan Cina yang artinya Bong = Hubungan, Cina = Cina. Konon Desa Bongancina pernah dihuni oleh 3 (tiga) jaman (angkatan penduduk). Penduduk yang pertama mengadakan hubungan dagang dengan orang-orang Cina yang berasal dari daerah Kintamani dengan sistem tukar menukar (barter). Selanjutnya dengan adanya hubungan yang mungkin sangat baik antara penduduk Bongancina dengan orang-orang Cina tersebut, sehingga pernah ada perkawinan antara seorang gadis keturunan Cina yang sangat cantik yang bernama Kan Cee Kue dengan I Gusti Ngurah Auman yang mungkin beliau adalah seorang pengusaha atau pemuka masyarakat Desa Bongancina (ada dalam Babad Wangsul di Pura Dalem Balingkang Bangli). Dengan demikian, besar kemungkinan orang-orang Cina lainnya pernah juga menjadi penduduk di Bongancina. Fakta menunjukkan pernah diketemukan seperangkat alat-alat penguburan orang Cina (Bong) oleh orang-orang tua generasi ke-3 yang sampai sekarang generasinya tetap tinggal di Bongancina. Orang Cina tersebut di atas diceritakan tidak melanjutkan tinggal di daerah yang kemudian disebut Bongancina dikarenakan sebab yang tidak jelas.

Kemudian datanglah penduduk angakatan ke-2, yang berasal dari Desa Galiukir (Kecamatan Pupuan), Desa Pajahan (Kecamatan Pupuan), dan Desa Marga Telu. Yang mana mereka adalah berprofesi sebagai petani, oleh karena tanaman-tanaman mereka diserang oleh semut yang berjubal-jubal sehingga hasil tanamannya tidak dapat dinikmati, maka ditinggalkanlah Desa Bongancina kembali ke tempat asal mereka masing-masing. Sebagai bukti bahwa nenek monyangnya pernah tinggal tersebut, setiap pujawali di Pura Puseh/Desa Pakraman Bongancina, ada beberapa masyarakat dari desa-desa tersebut di atas datang untuk tangkil ke pura tersebut.

1. Sekitar tahun 1919, datanglah generasi ke-3 yang keturunannya masih tinggal di Desa Bongancina, mereka berasal dari Desa Pelapuan, Samsam, dan Batuaji kemudian diikuti dari daerah Badung, Gianyar, Bangli, Karangasem, dan Jembrana.
2. Konon dulu Desa Bongancina masih bergabung dengan Desa Kutul yang sekarang bernama Desa Pucaksari. Pemekaran menjadi Desa Bongancina sekitar tahun 1935.

Dan dalam perkembangan selanjutnya sudah tentu sejak awal berdirinya Desa Bongancina, umumnya mempunyai pemuka-pemuka/tokoh-tokoh yang menjadi Pemimpin di Masyarakat, sehingga sangat perlu kami catat dalam sejarah Desa Bongancina.